Das “Zentrum für Biodiversitätsinformatik und Sammlungsdatenintegration” (ZBS) trägt seit den frühen 1990er Jahren zu kooperativen Forschungsprojekten auf nationaler und internationaler Ebene bei. Es besteht aus einem interdisziplinären Team aus den Disziplinen Informatik, Biologie, Bioinformatik und Ingenieurswissenschaften. Aktuelle Forschungsthemen sind Informationsmodellierung, Metadaten-Standardisierung, Vernetzung von primären Biodiversitätsdaten, Taxonomic Computing sowie semantische Integration von Biodiversitätsdaten. Ein besonderer Schwerpunkt des Zentrums ist die Integration der vielfältigen Sammlungsdaten des BGBM sowohl intern als auch im Kontext nationaler und internationaler interdisziplinärer Dateninfrastrukturen.
Wichtige Entwicklungen des ZBS sind die EDIT Platform for Cybertaxonomy, der Biological Access Service (BioCASE) und das DNA-Bank-Netzwerk. Am Botanischen Garten Berlin werden verschiedene wissenschaftliche Informationssysteme über diese Software-Tools betrieben (Euro+Med Plant Base, Flora of Cyprus, Cichorieae und Campanula Portal, Caryophyllales Synthesis, etc.).