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Agnes Kirchhoff

Servicebereich Pojektunterstützung

Agnes Kirchhoff
Referentin Forschungsunterstützung
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a.kirchhoff@bo.berlin
Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin
Freie Universität Berlin
Königin-Luise-Straße 6-8
14195
Berlin
Deutschland

Aufgaben

Referentin Forschungsunterstützung

Forschungsinteressen

  • Biodiversity Informatics

Forschungsprojekte

  • StanDAP-Herb - a standardised and optimised process for data acquisition from digital images of herbarium specimens DFG) – 2014-2017
  • Autographensammlung (Verein der Freunde des Botanischen Gartens und Botanischen Museums Berlin) – 2015-2016
  • reBiND – Biodiversity Needs Data(DFG) -2011-2014
  • EDIT – Network of Excellence (EU 6. Forschungsrahmenprogramm – Global Change and Ecosystems) – 2006-2011
  • MoPuK Excellenzcluster, Mobilisierung rezent-historischer Forschungsinformation zu Phytodiversität und Klima im Cluster System Erde der Freien Universität Berlin (DFG) – 2005-2006
  • GBIF-D Botanik – Global Biodiversity Information Facility - Germany, Botanical Node (BMBF) 2003-2006
  • BIOLOG-BoGART – Datenbank der Lebendsammlung des Botanischen Gartens (BMBF) – 2000-2002

Papers in peer reviewed journals (published and in press)

  • Liat Hadar, Daniel E. Orenstein, Yohay Carmel, Jochen Mülder, Agnes Kirchhoff, Avi Perevolotsky, Yagil Osem, 2021: Envisioning future landscapes: A data-based visualization model for ecosystems under alternative management scenarios, Landscape and Urban Planning 215(3):104214, DOI: 10.1016/j.landurbplan.2021.104214
  • Agnes Kirchhoff, Ulrich Bügel, Eduard Santamaria, Fabian Reimeier, Dominik Röpert, Alexander Tebbje, Anton Güntsch, Fernando Chaves Salamanca, Karl-Heinz Steinke, Walter G. Berendsohn 2018: Toward a service-based workflow for automated information extraction from herbarium specimens, Database The Journal of Biological Databases and Curation 2018, DOI: 10.1093/database/bay103
  • Fabian Reimeier, Dominik Röpert, Anton Güntsch, Agnes Kirchhoff, Walter G. Berendsohn, Service-based information extraction from herbarium specimens 2018, Biodiversity Information Science and Standards 2:e25415, DOI: 10.3897/biss.2.25415
  • Güntsch, A., Fichtmüller, D.,  Kirchhoff, A. & Berendsohn, W.G. 2012: Efficient rescue of threatened biodiversity data using reBiND-workflows. Plant Biosystems, 146(4): 752-755. DOI:10.1080/11263504.2012.740086
  • Hahn, A., Kirchhoff, A. & Berendsohn, W.G. 2004: The Global Biodiversity Information Facility (GBIF) and the German response. Scripta Bot. Belg. 29: 71-77.

Journals, not peer reviewed

  • Kirchhoff, A., Güntsch, A., Hoffmann, N., Kohlbecker, A., Müller, A., Revilla, F. & Berendsohn, W.G. 2011: A versatile toolkit for taxonomists: The EDIT Platform for Cybertaxonomy. P. 190 in: Borsch, T.; Giere, P.; Hoffmann,J.; Jahn, R.; Löhne, C.; Nordt, B.; Ohl, M. (ed.) Biosystematics 2011, Berlin, ISBN 978-3-921800-68-3
  • Güntsch, A., Hoffmann, N., Kohlbecker, A., Müller, A., Kirchhoff, A. & Berendsohn, W.G. 2011: The EDIT Platform for Cybertaxonomy – an open architecture for taxonomic data processing. Pp. 149-150 in: Borsch, T., Giere, P., Hoffmann, J., Jahn, R., Löhne, C., Nordt, B., Ohl, M. (ed.) Biosystematics 2011, Berlin, ISBN 978-3-921800-68-3
  • Kohlbecker, A., Güntsch, A., Kirchhoff, A., Müller, A., Hoffmann, N., Revilla, F. & Berendsohn W.G. 2011: Biulding rich biodiversity data portals using the EDIT platform for Cybertaxonomy. Pp. 199-200 in: Borsch, T., Giere, P., Hoffmann, J., Jahn, R., Löhne, C., Nordt, B., Ohl, M. (ed.) Biosystematics 2011, Berlin, ISBN 978-3-921800-68-3
  • Vignes-Lebbe, R., Causse, F., Fradin, H., Güntsch, A., Hoffmann, N., Kirchhoff, A., Kohlbecker, A., Kutzelmann, K., Maiocco, O., Müller, M., Ung, V., Venin, M. & Berendsohn, W.G. 2011: Editing and publishing descriptive data with the EDIT Platform. Pp. 373-274 in: Borsch, T., Giere, P., Hoffmann, J., Jahn, R., Löhne, C., Nordt, B., Ohl, M. (ed.) Biosystematics 2011, Berlin, ISBN 978-3-921800-68-3
  • Kirchhoff, A., Müller, A., Berendsohn, W. G., Janssen, T., Roos, M. C., Sierra, S.E.C. 2011: Using the EDIT Platform for Cybertaxonomy to elaborate and disseminate complex floristic information. EDIT newsletter 25: 26-28. ISSN 1958-5152
  • Sierra, S. E. C., Roos, M. C., Hamann, T., Berendsohn, W. G., Güntsch, A., Kirchhoff, A., Kirkup, D. & Janssen, T. 2011: Toward an Open Access repository and data services for plant biodiversity research. EDIT newsletter 25:4-7. ISSN 1958-5152
  • Kirchhoff, A., Berendsohn, W. 2010: Die EDIT 'Platform for Cybertaxonomy.
  • GfBS news 23: 38-42. ISSN 1867-6766 (Printausgabe), ISSN 1867-6774 (Internetausgabe)
  • Kirchhoff, A. 2010: The EDIT Platform for Cybertaxonomy, SPNHC newsletter 24:1-2, 19. ISSN 1071-2887
  • Kirchhoff, A., Kohlbecker, A., Hoffmann, N., Güntsch, A.2010: CDM setups site, How to install the software modules of the EDIT Platform for Cybertaxonomy, EDIT newsletter 21: 6-7. ISSN 1962-3402
  • Hoffmann, N., Kohlbecker, A., Müller, A., Revilla F., Kirchhoff, A., Güntsch, A., Berendsohn, W. 2010: Generating printed publications with the EDIT common data model (CDM), EDIT newsletter 23: 11-12. ISSN 19623402
  • Venin, M., Kirchhoff, A., Fradin, H., Güntsch, A., Hoffmann, N., Kohlbecker, A., Kuntzelman, E., Maiocco, Ô., Müller, A., Vignes Lebbe, R., Berendsohn, W. G.2010: Descriptive Data in the Platform for Cybertaxonomy, In: Nimis, P.L., Vignes Lebbe, R., (eds.) Tools for Identifying Biodiversity: Progress and Problems – pp. 7-11, Proceedings of the International Congress, Paris, September 20-22, 2010.  ISBN 978-88-8303-295-0. EUT, 2010.
  • Kirchhoff, A., Paar, P.,  Mülder, J. 2009: Die virtuelle Rekonstruktion von Herodes’ drittem Winterpalast und der Oase von Jericho, HASB Bern 21: 151-161.
  • Kirchhoff, A., Hahn, A., Holetschek, J., Kelbert, P., Jahn, R. & Berendsohn, W. G. 2007: Open Access to Biodiversity Collection Data – GBIF Germany and the Botanical Node in: Kusber, W.-H. & Jahn, R. (ed.): Proceedings of the 1st Central European Diatom Meeting 2007: 79-82. Berlin. doi:10.3372/cediatom.116
  • Kirchhoff, A. 2007: Florenkartierung und Global Biodiversity Information Facility (GBIF), Floristische Rundbriefe, Beiheft 8: 93-98.
  • Kirchhoff, A.,  Hahn, A., Berendsohn, W.G. 2005: A Portal for Botanical Collections and Databases in Germany - The Botanical Node within GBIF-D, Verhandlungen der Gesellschaft für Ökologie, Proceedings of the GFÖ, Vol. 35 ( landscapes, ecosystems and populations - dynamics, functions and conservation): 489, Laufen/Salzach
  • Kirchhoff, A. 1998: Sequoiadendron giganteum in Schweizer Gärten. Schweizerische Gesellschaft für Gartenkultur, Mitteilungen 2: 51-57.

Other publications

  • Haston, E., Albenga, L., Chagnoux, S., Drinkwater, R., Durrant, J., Gilbert, E., Glöckler, F., Green, L., Harris, D., Holetschek, J., Hudson, L., Kahle, P., King, S., Kirchhoff, A.,Kroupa, A., Kvacek, J., Le Bras, G., Livermore, L., Mühlenberger, G., Paul, D., Phillips, S., Smirnova, L., Vacek, F., Walker, S. 2015: Automating Data Capture from Natural History Specimens. (Synthesys 3, Work Package 4, Task 1.2., Deliverable 4.2, http://www.synthesys.info/joint-research-activities/jra-1-synthesys-3/)
  • Rücknagel, J., Vierkant, P., Ulrich, R., Kloska, G., Schnepf, E., Fichtmüller, D., Reuter, E., Semrau, A., Kindling, M., Pampel, H., Witt, M., Fritze, F., van de Sandt, S., Klump, J., Goebelbecker, H.-J., Skarupianski, M., Bertelmann, R., Schirmbacher, P., Scholze, F., Kramer, C., Fuchs, C., Spier, S., Kirchhoff, A. : Metadata Schema for the Description of Research Data Repositories: version 3.0, 29 p., DOI: http://doi.org/10.2312/re3.008
  • Vierkant, P., Spier, S., Rücknagel, J.,  Gundlach, J., Fichtmüller, D., Pampel, H., Kindling, M., Kirchhoff, A., Göbelbecker, H.-J., Klump, J., Bertelmann, R., Schirmbacher, P., Scholze, F. 2012: Vocabulary for the Registration and Description of Research Data Repositories. Version 2.0. December 2012. DOI:10.2312/re3.002, http://www.re3data.org.
  • Luther, K., Kirchhoff, A., Fichtmüller, D. 2011: reBiND: saving endangered data, TDWG annual conference 2011, New Orleans, USA [Abstract]
  • Kirchhoff, A., Güntsch, A. 2011: Biodiversity archives: saving endangered data, 18.-23. 09.2011, Botanikertagung, Berlin, Germany, conference book: 113 [Abstract]
  • Hahn, A., Kirchhoff, A., Berendsohn, W.G. 2005: Remote annotation in a distributed access system - How to provide feedback? - Annual meeting of the Taxonomic Databases Working Group 2005, St. Petersburg, [Abstract)  http://www.tdwg.org/2005meet/TDWG2005_Abstract_27.htm.
  • Kirchhoff, A., Hahn, A., Berendsohn, W.G. 2005: The Botanical Node within the German GBIF Network, In: XVII International Botanical Congress - 2005, Vienna [Abstract]
  • Hahn, A., Kirchhoff, A., Berendsohn, W.G. 2004: Virtual Herbarium, portal and organisation of the Botanical node within GBIF-D, GBIF-Deutschland, German Participation in the Global Biodiversity Information Facility, Status Report 2004: 48-49, DLR Bonn
  • Hahn, A., Kirchhoff A., Berendsohn., W. G. 2004:  Networking biodiversity data - online access to distributed data sources in GBIF-D, Ocean Biodiversity Informatics; International Conference on Marine Biodiversity Data Management, 29-30 Nov 2004, Hamburg. [Abstract, Talk]
  • Hahn, A., Kirchhoff A. , Berendsohn W.G. 2003: Virtual Herbarium, portal and organisation of the botanical node within GBIF-D. - In: Sustainable use and conservation of biological diversity - a challenge for society, Symposium Report Part A: 259-260. Bonn.
  • Stevens, A.-D., Kirchhoff, A., Hahn A., Berendsohn, W.G. 2003: German Botany within the Global Biodiversity Information Facility (GBIF) – In: J. Rammeloo & A. Bogaerts (eds.). EuroGard III Congress and BEDUCO II Congress Abstracts, Scripta Botanica Belgica 27: 49. [Abstract]
  • Hahn, A., Kirchhoff, A., Matthäs, U., Surma A., Berendsohn W. G. 2001: BoGART - the Information System of the Berlin Botanic Garden, BIOLOG - German Programme on Biodiversity and Global Change, Status Report 2001: 228-229, Bonn.
  • Hahn, A., Kirchhoff A., Matthäs, U., Surma A., Berendsohn W. G. 2002: BoGART - Information management for the Berlin Botanic Garden. - 18th annual meeting of the Taxonomic Databases Working Group 2002, Indaiatuba, Brasil  [Abstract]
  • Kirchhoff, A. 2002: (XSLT) Stylesheets für die XML-Ausgabe einer Datenbank. FH Potsdam, Institut für Information und Dokumentation (http://ww2.bgbm.org/bogartdb/BogartPublic.asp)

Talks

  • Agnes Kirchhoff, Theresa Serafin, 2021: „Gamification und Wissensintegration – neue Impulse von BürgerwissenschaftlerInnen im Transkriptionsprojekt „Die Herbonauten“, Partizipative Transkriptionsprojekte in Museen, Archiven, Bibliotheken, Digitaler Workshop, 29.10.2021
  • Agnes Kirchhoff 2018: “Herbonauten - ‘Missions’ to collect data on herbarium sheets – a BGBM citizen science project”, PhenObs Workshop Botanical Gardens as a Global Phenological Observation Network, 22 – 23 November 2018, German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv), Leipzig
  • Agnes Kirchhoff, Anton Güntsch, Dominik Röpert 2017: Die Herbonauten – Online Erschließung von Herbarbelegen durch Bürgerwissenschaftler, 13. Jahrestagung der Gesellschaft zur Erforschung der Flora Deutschlands (GEFD) vom 3.–5.11.2017, Ludwig-Maximilians-Universität München
  • Kirchhoff, A., Berendsohn, W.G., Bügel, U., Chaves, F., Guan, C. , Lindhorst, M., Röpert, D., Santamaria, E., Steinke, K.-H., Zheng, H. 2014:  StanDAP-Herb develops a standard process for extracting metadata from digitized herbarium specimens. TDWG annual conference: Biodiversity Information Standards, 26.-31.10.2014, Jönköping, Sweden. http://www.tdwg.org/fileadmin/2014conference/slides/Kirchhoff_StanDAPHe…
  • Berendsohn, W.G., Chaves, F., Kirchhoff, A., Röpert, D., Steinke, K.-H., Usländer, T. 2014: Metadataextraction from digital specimens: a standardised software driven approach. Digital Specimen Conference, Museum für Naturkunde, 8.-12.09. 2014, Berlin, Germany.
  • Kirchhoff, A. 2012: Field experiences in ATBI+M Gemer, EDIT Conservation Stakeholder Workshop 'Taxonomy meets nature conservation', Berlin, 16.-17. June 2010,
  • Häuser, C., Monje, C., Kirchhoff, A., Hoffmann, A., Kroupa, A. 2010: ATBIs best practices and tools, expertise and information management, Scoping Workshop Pondoland Center of Endemism: All Taxa Biodiversity Inventory, 30.08- 03.09.2010, Port Edward, South Africa
  • Kirchhoff, A. 2006: GBIF-D Botanikknoten, GBIF-D Botanikworkshop, 22.6.2006, BGBM Berlin-Dahlem
  • Kirchhoff, A. 2005: Erfahrungen mit Bilddigitalisierung am Botanischen Museum in Berlin, Vavilov-Seminar 26.10.2005, Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research, Gatersleben 
  • Kirchhoff, A. Hahn, A. Berendsohn W.G.2005: A Portal for Botanical Collections and Databases in Germany - The Botanical Node within GBIF-D', 35th Annual Conference of the Ecological Society of Germany, Switzerland and Austria (GfÖ) 19.-23. Sept. 2005, Regensburg
  • Kirchhoff, A., 2005:The organisational structure of GBIF Germany, 2nd ENBI Workshop, 10.-12.05.2005, Universitat de les Illes Balears, Palma de Mallorca
  • Kirchhoff, A., Hahn A., Berendsohn W.G. 2005: Alte Daten in neue Systeme? Rückwirkende Georeferenzierung, ein Überblick, 4. Workshop 'Vegetationsdatenbanken', 16.-18.03.2005, Institut für Geobotanik, Universität Halle
  • Jahn, R., Kirchhoff, A., Hahn, A. 2003:Virtuelle versus Physische Sammlungen - Probleme und Lösungsansätze. - 16.9.2003 Tagung der Gesellschaft für biologische Systematik (GfbS), Dresden.
  • Kirchhoff, A., Hahn, A., Stevens A.-D., Berendsohn W.G. 2003: The Global Biodiversity Information Facility (GBIF) and the German Response. 22.7.2003  EuroGard III Congress, Meise, Belgium.

 

Poster

  • Kirchhoff, A., Röpert, D., Güntsch, A., Berendsohn, W.G., Steinke, K.-H., Guan, C., Zheng, H., Chaves, F., Bügel, U., Santamaria, E. (2016): Information-Extraction from Herbarium Specimens: The StanDAP-Herb Project. SPNC Annual Meeting 20.-25.06.2016, Berlin, Germany.
  • Kirchhoff, A., Röpert, D., Güntsch, A., Steinke, K.-H., Lindhorst, M., Guan, C., Zheng, H., F. Chaves, F., Bügel, U., Santamaria, E., Saliu, G., Papantonis,I. 2016: Informationsextraktion aus Herbarbelegen: Das StanDAP-Herb Projekt. DFG Workshop: Forschungsrelevante Sammlungen wissenschaftlicher Objekte. 28.-29.01. 2016, Bonn, Germany.
  • Kirchhoff, A., Fichtmüller, D., Güntsch, A. 2012: Saving endangered data – the reBiND project. BHL final events, 4 June 2012, Berlin.
  • Fichtmüller, D., Kirchhoff, A.  Güntsch, A. 2012:  Biodiversity needs data - the reBiND Project provides workflows and software for archiving biodiversity data, GBIF Nodes Meeting, Mar 2012 Berlin-Dahlem
  • Luther, K., Kirchhoff, A., Fichtmüller, D., Güntsch, A. 2011: reBiND saving endangered data. TDWG annual conference, Oct 2011, New Orleans, USA.
  • Kirchhoff, A., Güntsch, A. 2011: Biodiversity archives saving endangered data. Botanikertagung, 21. Sept. 2011, Berlin.
  • Kirchhoff, A., Holetschek, H., Hahn, A., Kelbert, P., Jahn, R., Berendsohn W.G.2007: GBIF-Germany and the Botanical Node, 1st central European diatom meeting, 23.-25. Mar 2007 Berlin-Dahlem.
  • Agnes Kirchhoff, Anton Güntsch, Walter G. Berendsohn 2007: EDIT – Taxonomy for Biodiversity Research and Conservation, 6th meeting on vegetation databases to be held in conjunction with the floristic survey, Surveys of vegetation and floras - new prospects, joint ways, 28 Feb-02 Mar 2007, Bonn.
  • Kirchhoff, A., Hahn, A., Berendsohn W.G. 2005: The Botanical Node within the German GBIF Network, 17.-23.07.2005, XVII. International Botanical Congress, Vienna.
  • Kirchhoff, A., Hahn, A. , Berendsohn, W.G. 2004: The Botanical Node in GBIF-D – status and perspectives, GBIF-D Statusseminar ", 6.-7.12.2004, Bonn.
  • Kirchhoff, A., Hahn, A., Jahn R., Berendsohn W.G. 2004: Biodiversity in past, present, and future - joint access to botanical data with GBIF, 7. Jahrestagung der GfBS Stuttgart, 14. September 2004, Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart.
  • Kirchhoff, A., Hahn, A., Berendsohn W.G. 2004: Living Collections and the GBIF-D Botanical Node, International Symposium: 'Botanic Gardens: Awareness of Biodiversity' 4.-6. June 2004 , BGBM, Berlin.
  • Kirchhoff, A., Hahn A., Berendsohn W.G. 2004: Botanische Beleg- und Beobachtungsdaten vernetzt -Der Botanische Knoten von GBIF Deutschland - 3. Workshop Vegetationsdatenbanken - Vegetationsdatenbanken in Landschaftsplanung, Naturschutz, Biomonitoring und Biodiversitätsforschung, 11.-12.03.2004, Fachhochschule Weihenstephan, Freising.
  • Hahn, A., Kirchhoff, A., Berendsohn W.G. 2003: German Botany and the Global Biodiversity Information Facility (GBIF) -  Symposium "Sustainable use and conservation of biological diversity", 1.-4.12.2003,  Berlin.
  • Hahn, A., Kirchhoff, A., Stevens A.-D., Berendsohn W.G. 2003: German Botany within the Global Biodiversity Information Facility (GBIF). -  EuroGard III Congress, 21.-26.7.2003, Meise, Belgium.
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